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袁恩桢研究员长期从事社会主义政治经济学研究，特别在国有企业改革与发展、温州经济发展与“温州模式”、社会主义市场经济理论等研究领域有深厚的学术造诣，作出了创新的理论贡献。在国有企业改革与发展研究领域，袁恩桢研究员提出了“两个滞后”的重要观点。“国企改革的两个滞后”一文在《上海经济研究》上发表后，产生了较大的社会影响，此后这一观点又在许多重要报刊上得到了深化。
袁恩桢研究员自80年代初即开始关注温州经济的发展。1986年主编出版的《温州模式与富裕之路》一书是国内第一本研究温州模式的专著，对此后掀起的温州研究热潮起到了奠基石的作用。该书被认为是学术界研究温州经济的重要起点，袁恩桢成为“温州模式”的创始人。《温州模式与富裕之路》一书出版后，受到了当时温州市政府与社会各界的欢迎和好评，特别为解除当时温州的社会压力发挥了积极有益的作用。
袁恩桢研究员在上海市社会主义市场经济理论的早中期研究中起到了中流砥柱的作用。在其作为副主编和主要撰写者的《社会必要产品论》、《双重运行机制论》，以及《我的经济观》、《社会主义商品经济理论》等著作中，作者对社会主义商品理论的特点与双重运行机制理论，都作了较为深入的分析。《双重运行机制论》的观点，在改革初期被视为当时经济理论研究中的一个制高点，《社会必要产品论》获得首届孙冶方经济学优秀著作奖。
