2012年，经济所理论经济学一级学科博士学位授予点参加了教育部学位与研究生教育发展中心组织开展的学科评估，取得了全国第16名的好成绩。
教育部的此次学科评估工作是按照国务院学位委员会和教育部颁布的《学位授予和人才培养学科目录》的学科划分，对具有研究生培养和学位授予资格的一级学科进行的整体水平评估。学科评估历时一年，按照自愿申请参评的原则，采用客观评价与主观评价相结合的方式，所需数据由相关政府部门、社会组织公布的公共数据和参评单位报送的材料构成。通过对相关数据的公示、核查，同时还邀请了学科专家、政府部门及企业界人士进行主观评价，在此基础上形成最终评价结果。
在理论经济学一级学科的评估过程中，全国具有“博士一级”授予权的高校共32所，本次有27所参评；部分具有“博士二级”授权和硕士授权的高校参加了评估；参评高校共计55所。同时，本次还有28个科研院所（含党校）的69个学科也申请参加了评估。经济所理论经济学一级学科博士点在百余所高校和科研院所中以75分的冲击排名第16名，在除高校之外的科研院所排名中名列第1。在上海地区参评的高校和科研院所中名列第3，仅次于复旦大学和上海财经大学的理论经济学一级学科。
按照教育部的设想，公布评估结果旨在为参评单位了解学科现状、促进学科内涵建设、提高研究生培养和学位授予质量提供客观信息；为学生选报学科、专业提供参考；同时，也便于社会各界了解有关学校和科研机构学科建设状况。
